กองทัพแห่งไซออน The Matrix 3 ซึ่งได้รับความช่วยเหลือจาก พลเรือนอาสาสมัคร ซี (โนน่า เกย์) และเดอะคิด (เคลย์ตัน วัตสัน) ที่เข้าร่วมการต่อสู้อย่างเข้าตาจน เพื่อหยุดยั้งการรุกรานของเซ็นติเนล ในขณะที่กองทัพเครื่องจักร บุกทะลวงเข้าสู่ที่มั่นของพวกเขา บรรดาพลเมืองแห่งปราการสุดท้ายของมนุษยชาติ มิได้เพียงต่อสู้เพื่อเอาชีวิตรอดเท่านั้น แต่พวกเขายังทำเพื่ออนาคตของมวลมนุษย์อีกด้วย