3 ปีหลังจากสงครามกองทัพโคลน “ซิธ ลอร์ด” และ “เคานต์ ดูกู”ได้ทำการลักพาตัวสมุหนายกพัลพาทีนเป็นตัวประกัน Star Wars 3 ทำให้อนาคิน และโอบีวันต้องเข้าทำการช่วยเหลือจนทั้งสองได้พบกับเคานต์ดูกู ที่คุมตัวของสมุหนายก โอบีวันพลาดท่าจนสลบไป ส่วนอนาคินที่ใช้ความโกรธแค้นจากสงครามครั้งก่อนเข้าต่อสู้ และสามารถเอาชนะได้ สมุหนายกพัลพาทีนได้ทำการยุยงให้อนาคินสังหารเคานต์ดูกู แม้ว่าอนาคินจะลังเลและรู้สึกขัดแย้งกับวิถีของเจได แต่ด้วยความโกรธแค้นทำให้เขาลงมือสังหารเคานต์ดูกูลงได้ ในขณะนั้น แพดเม่เองก็กำลังตั้งท้องกับอนาคิน ซึ่งทำให้เขาเห็นนิมิตฝันว่าลูกที่เกิดมาจะทำให้เธอต้องตาย ทำให้เขาถูกชักจูงโดยสมุหนายกพัลพาทีน และเล่าถึงเรื่องราวการคืนชีพให้คนตายได้มาพูดคุยกัน ทำให้อนาคินรู้ว่าสมุนายกคือ “ดาร์ธซีเดียส” จึงได้แจ้ง “อาจารย์เจได เมซ วินดู”ให้เข้ามาจัดการกับคนร้ายตัวจริง และ เมซวินดูกำลังจะเอาชนะดาร์ธซีเดียสได้ แต่อนาคินกลับถูกเป่าหูจนเมซวินดู ถูกดาร์ธซีเดียสลงมือสังหาร และอนาคินก็ได้เป็น “ซิธคนใหม่” นามว่า “ดาร์ธ เวเดอร์” และเริ่มภารกิจแรกในการลงมือสังหารเจไดทุกคนไม่เว้นแม้แต่เด็กๆพาดาวันในวิหาร ซึ่งในขณะเดียวกันพัลพาทีนออกคำสั่งมาตรา66 (Order66) ที่มีหมายให้ผู้บังคับบัญชาโคลนทรูปเปอร์ทั่วกาแล็กซี กวาดล้างอัศวินเจได และนิกายเจไดจนนำไปสู่การก่อตั้งจักรวรรดิกาแลกติก ส่งผลให้เหล่าเจไดถูกกวาดล้างจนเกือบหมดสิ้น เหลืออัศวินเจไดเพียงสามคนในจักรวาลได้แก่ โอบีวัน อาจารย์โยดา และอโซกา ทาโน่ โอบีวันที่ได้เห็นภาพความสูญเสียของเจได ทำให้เขาตัดสินใจออกตามหาตัวอนาคิน ทั้งสองประมือกันอย่างดุเดือด แต่สุดท้าย อนาคินเป็นฝ่ายพ่ายแพ้ ขาทั้งสองถูกตัดขาด ร่างถูกไฟคลอก ส่วนแพดเม่เสียชีวิตหลังจากให้กำเนิดเด็กแฝดที่ชื่อ “ลุค” และ “เลอา” โดยลุค จะถูกส่งไปยังดาวทาทูอีนโดยมีโอบีวันดูอยู่ห่างๆ ส่วนเลอา ถูกวุฒิสมาชิกออร์กาน่านำไปเลี้ยงส่วน “ดาร์ธ เวเดอร์” หรือ “อนาคิน สกายวอล์คเกอร์” ถูกช่วยเหลือและผ่าตัดเปลี่ยนร่างเป็นไซบอร์ก สวมหน้ากากสีดำทมิฬ และรับใช้จักรวรรดิใหม่ที่สร้างขึ้นโดย ดาร์ธ ซีเดียส